農地を売ったときの譲渡所得
農地法の許可と「どの年分の申告になるか」

まず結論：計算は他の不動産と同じ。違うのは「いつの年分か」です

農地を売ったときの譲渡所得は、宅地やマンションを売ったときと同じ式で計算します。国税庁の計算式は次のとおりです。

課税長期譲渡所得金額＝譲渡価額（収入金額）－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額
税額＝課税長期譲渡所得金額×15％（住民税5％）（国税庁タックスアンサーNo.3208「長期譲渡所得の税額の計算」）

長期譲渡所得は、譲渡した年の1月1日現在で所有期間が5年を超える土地・建物の譲渡所得です。平成25年から令和19年までは、復興特別所得税として基準所得税額の2.1パーセントも申告・納付します。

ここまでは農地も同じです。農地で実務がつまずくのは、次の3点です。

• どの年分の申告になるのか…農地法の許可が必要な農地等は取扱いが異なります
• 取得費がわからない…先祖代々の農地は取得額の記録がないことがほとんどです
• 特別控除が使えるのか…条件は「いくらで売ったか」ではありません

農地法の許可そのものの要否・手続は、その農地がある市町村の農業委員会にご確認ください。本記事では扱いません。

農地でいちばん大きい論点は「どの年分の申告になるか」

不動産を売ったとき、いつの年分の申告に入れるかを「収入すべき時期」といいます。国税庁の通達は次のとおりです。

山林所得又は譲渡所得の総収入金額の収入すべき時期は、山林所得又は譲渡所得の基因となる資産の引渡しがあった日によるものとする。ただし、納税者の選択により、当該資産の譲渡に関する契約の効力発生の日（農地法第3条第1項《農地又は採草放牧地の権利移動の制限》若しくは第5条第1項本文《農地又は採草放牧地の転用のための権利移動の制限》の規定による許可（同条第4項の規定により許可があったものとみなされる協議の成立を含む。以下同じ。）を受けなければならない農地若しくは採草放牧地（以下この項においてこれらを「農地等」という。）の譲渡又は同条第1項第6号の規定による届出をしてする農地等の譲渡については、当該農地等の譲渡に関する契約が締結された日）により総収入金額に算入して申告があったときは、これを認める。（所得税基本通達36-12）

長い一文を表に分けます。

「契約の効力発生の日」と「契約が締結された日」は別のものです

ふつうの不動産で選べるのは「契約の効力発生の日」ですが、許可が必要な農地等では、選べるのが「契約が締結された日」に置き換わります。

契約後に許可を待ち、決済・引渡しとなる順序では、年をまたぐと、どちらの日で申告するかで年分そのものが変わります。その年の他の譲渡や特別控除の枠にも影響します。

なお通達の注1は、収入すべき時期は原則として譲渡代金の決済を了した日より後にはならないとしています。引渡しの日を遅らせれば先に延ばせる、というものではありません。

ふつうの不動産で引渡日と契約日のどちらを選ぶかという考え方は、不動産売却の確定申告はどの年分？引渡日と契約日は選べますで整理しています。農地等では、選べる日がここで説明したとおり置き換わります。

許可が下りる前に契約が解除されたら ― 更正の請求ができます

許可を受ける前に話が流れてしまった場合、契約が締結された日で申告していた分はどうなるのか。通達は注書きではっきり示しています。

農地等の譲渡について、農地法第3条又は第5条に規定する許可を受ける前又は届出前に当該農地等の譲渡に関する契約が解除された場合（再売買と認められるものを除く。）には、通則法第23条第2項の規定により、当該契約が解除された日の翌日から2月以内に更正の請求をすることができることに留意する。（所得税基本通達36-12 注2）

先祖代々の農地は、取得費がわからないのがふつうです

祖父の代、あるいはもっと前から持っている農地では、いくらで取得したのかを示す資料が残っていないことがほとんどです。この場合には、次の取扱いがあります。

土地や建物の取得費が分からなかったり、実際の取得費が譲渡価額の5パーセントよりも少ないときは、譲渡価額の5パーセントを取得費（概算取得費）とすることができます。（国税庁タックスアンサーNo.3208）

ただし、概算取得費は譲渡価額の5パーセントしか引けないため、売った金額のほぼ全額が譲渡所得になり、税負担は重くなります。

まず「本当に資料がないのか」を確かめてから、概算取得費に落とす。この順番が大切です。探し方と、実際の取得費を根拠づけて算入できるかの検討は、不動産売却で取得費がわからない？概算取得費5％で損しないための合理的算定法で詳しく解説しています。

特別控除は「いくらで売ったか」ではなく「誰に買い取られたか」で決まります

譲渡所得の特別控除は7種類。公共事業等の5,000万円、マイホームの3,000万円、特定土地区画整理事業等の2,000万円、特定住宅地造成事業等の1,500万円、平成21年・22年取得の国内土地の1,000万円、農地保有の合理化等の800万円、低未利用土地等の100万円です。

農地に関係するのは主に800万円・1,500万円・2,000万円の3つ。大事なのは金額ではなく、どういう相手に買い取られた場合かです。

ご自身で買主を探して売った場合には使えません

条文が並べているのは、どの制度に基づき誰に買い取られたかです。ご自身で話をつけて売った場合は当てはまりません。自治体や農地中間管理機構などから話が来て売却した場合は対象になる可能性があります。どの手続の中での売却かを、書面で確かめる必要があります。

枠の使い方には全体の上限もあります

同じ年に複数の土地を売る予定があるなら、この上限と順序が効いてきます。詳しくは譲渡所得の特別控除は7種類 同じ年に使えるのは合計5,000万円までですをご覧ください。

数字で見ると、800万円控除の有無で1,625,200円の差になります

相続で受け継いだ農地を2,000万円で売ったとします。譲渡費用は60万円、取得費は資料がなく概算取得費（5パーセント）の100万円。長期譲渡所得として税率は所得税15パーセント・住民税5パーセント、復興特別所得税は2.1パーセントです。譲渡所得の金額は2,000万円 −（100万円 ＋ 60万円）＝ 1,840万円です。

差は1,625,200円です。この差は「売り方」で決まります。同じ2,000万円で売っても、どの制度に基づき誰に買い取られたかが違えば結論は変わります。買主と条件を詰める前に確かめておくことに意味があります。

この数値例は控除の有無による違いを示す目安であり、実際の税額計算ではありません。譲渡価額・取得費・譲渡費用・所有期間、適用できる特例で結論は変わります。

控除を使うには、申告書への記載と証明書類の添付が必要です

800万円の特別控除の手続要件は次のとおりです。

第一項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項の規定に該当する旨を証する書類として財務省令で定めるものの添付がある場合に限り、適用する。（租税特別措置法34条の3第3項）

2,000万円の特別控除も同じ考え方で、確定申告書への記載に加えて、買取りをする者から交付を受けた「買取りがあったことを証する書類」その他の財務省令で定める書類の添付が求められています（租税特別措置法34条4項）。

そのほか、条文上の注意点

• 800万円の特別控除は、租税特別措置法37条又は37条の4の適用を受ける場合は対象から外れます
• 2,000万円の特別控除は、買取りが二以上の年にわたるとき最初の年分にしか適用されません。分割売却で枠を何度も使える制度ではありません

売る前に確かめておきたいこと

• 農地法3条1項・5条1項本文の許可を受けなければならない農地等か（要否は農業委員会にご確認ください）
• 契約締結日・許可日・引渡日・代金決済日はそれぞれいつか。年をまたいでいないか
• 取得時の資料は本当にないか。譲渡費用の領収書はそろっているか
• 誰から話が来て誰に買い取られる売却か。同じ年に他の土地・建物を売る予定はないか

どの控除が使えるか、どちらの年分が妥当かは、契約書・許可書類・証明書類を並べて見なければ決まりません。売買契約前、遅くとも決済前にご相談いただければ、選択肢を自分で狭めずに済みます。

農地の売却と譲渡所得について小松公認会計士・税理士事務所ができること

制度は複雑ですが、お客様がすべてを理解する必要はありません。難しいことは、専門家にお任せください。

登録者6,900人超

小松公認会計士・税理士事務所 代表

小松 優馬公認会計士・税理士

• お話を伺って、「あなたの場合はどうなるか」をはっきりお答えします
• 必要な書類のご案内から申告まで、まるごとお任せいただけます
• 料金は先にお見積り。全国どこでも、オンラインで完結できます

YouTube「税理士 小松ゆうまチャンネル」（登録者6,900人超）で、税金の話を分かりやすく解説しています。動画を見てみる

不動産売却サポートを見る 60秒で料金を見る

初回相談は無料です。相談だけで終えていただいて構いません。

よくある質問（FAQ）

Q1. 農地の売買契約を年末に結び、農地法の許可と引渡しは翌年になりました。どちらの年分で申告するのですか？

原則は引渡日です。ただし選択により、許可が必要な農地等は「契約締結日」で申告することも認められます（所得税基本通達36-12）。特別控除の使い方にも関わるため、書類をそろえてご相談ください。

Q2. ふつうの不動産では「契約日」を選べると聞きました。農地も同じですか？

選べる日が違います。ふつうの土地・建物は「契約の効力発生の日」ですが、許可が必要な農地等では「契約が締結された日」になります（所得税基本通達36-12）。日付の前後関係は書面で確かめる必要があります。

Q3. 農地を売ったのだから、800万円の特別控除は使えますよね？

農地というだけでは決まりません。800万円の控除（租税特別措置法34条の3）は農業振興地域整備法23条の協議などが対象で、誰にどの制度で買い取られたかで決まります。ご自身で買主を探した売却には当てはまりません。

Q4. 農地の売買契約を結んで申告もしましたが、許可が下りる前に契約が解除されました。納めた税金はどうなりますか？

更正の請求ができます（所得税基本通達36-12 注2）。期限は解除された日の翌日から2か月以内です。買い戻した実質であれば「再売買と認められるもの」として対象外です。契約が止まった時点でご連絡ください。