この記事のポイント
- 免税事業者のままでは設備投資の消費税は戻りません
- 選択届出書はその課税期間の末日まで。期限は延長されません
- いったん選ぶと2年間は免税事業者に戻れません
- 調整対象固定資産を取得すると、しばりは3年に延びます
まず結論:免税事業者のままでは、支払った消費税は戻りません
翌期に大きな設備投資を予定しているなら、期が始まる前に消費税の立ち位置を決めてください。
免税事業者のままでは、工事代金に含まれる消費税の還付を受けることができません。
還付は課税事業者が申告して初めて受けられるものだからです。
課税事業者になるには「消費税課税事業者選択届出書」を出します。
ただし、この届出書には3つのしばりがついてきます。
提出の期限が延びないこと。2年間は免税事業者に戻れないこと。場合によっては3年になること。
得か損かは、その1期だけでなく2年から3年分をまとめて見ないと判断できません。

どれくらい戻るのか ― 3,300万円の内装工事で見る
結論として、売上げに係る消費税額より仕入れに係る消費税額が多ければ、その差額が戻ります。
消費税は、預かった税額から支払った税額を差し引いて納める仕組みです。
引き算の答えがマイナスになる年は、納付ではなく還付になります。
計算例
例:免税事業者だった法人が、内装工事に3,300万円(税込)を支出した期
課税売上げ 880万円(税込) ÷ 1.1 = 800万円 売上げに係る消費税額=800万円 × 10% = 80万円 内装工事 3,300万円(税込) ÷ 1.1 = 3,000万円 仕入れに係る消費税額=3,000万円 × 10% = 300万円 80万円 - 300万円 = △220万円(220万円の還付)この例は一定の前提を置いた目安です。ほかに課税仕入れがなく、課税売上割合は100パーセント、本則課税としています。
実際の金額は取引の中身で変わります。
同じ工事をしても、免税事業者のままなら還付はゼロです。
届出書の期限は「その課税期間の末日」。1日も延びません
いちばん多い失敗は、届出書の出し忘れです。
この届出書を出すと、原則として、提出した日の属する課税期間の翌課税期間から納税義務が免除されなくなります。
つまり、投資をする期の1つ前の課税期間のうちに出しておく必要があります。
注意
翌課税期間から課税事業者を選択したい場合は、当課税期間中に届出書を提出しなければなりません。当課税期間の末日が土曜日、日曜日および国民の祝日等に当たる場合でも、提出期限は延長されません。翌日の平日に出せばよい、という取扱いはありません(国税庁タックスアンサーNo.6501)。
決算日が休日に当たる会社は、とくに注意が必要です。
なお、事業を開始した日の属する課税期間などは例外です。その課税期間から課税事業者になることができます。
設立初年度に大きな投資をするなら、法人成りのタイミングと合わせて設計します。

いったん選ぶと、2年間は免税事業者に戻れません
課税事業者の選択をやめるには、別の届出書が必要です。
その名は「消費税課税事業者選択不適用届出書」です。
提出があった日の属する課税期間の末日の翌日から、その効力が失われます。
ただし、この届出書はいつでも出せるわけではありません。
課税事業者となった日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ提出できません。
事業を廃止した場合を除き、2年間は免税事業者となることができません。
1期目の還付額と、2期目以降の納付額を並べて比べる必要があります。
100万円以上の資産を買うと、しばりが3年になることがあります
2年で終わらない場合があります。それが調整対象固定資産による3年のしばりです。
ポイント
選択届出書を提出した事業者が、課税事業者となった日から2年を経過する日までの間に開始した各課税期間中に調整対象固定資産の課税仕入れ等を行い、その確定申告を一般課税で行ったとします。この場合、その課税期間の初日から原則として3年間は免税事業者となれず、2年間は消費税簡易課税制度選択届出書を提出することもできません。
調整対象固定資産とは、棚卸資産以外の資産のうち一定のものをいいます。
建物およびその附属設備、構築物、機械および装置、船舶、航空機、車両および運搬具、工具、器具および備品、鉱業権その他の資産が対象です。
金額の基準は、一の取引単位の価額が税抜100万円以上であることです。
内装工事や機械の購入は、多くの場合この金額を超えます。
還付を受けるために選択したその行為が、そのまま3年のしばりを呼び込む構造になっています。

1,000万円以上の資産には「高額特定資産」の特例もあります
金額がさらに大きいときは、別の特例が重なります。
簡易課税制度および2割特例の適用を受けない課税期間中に、高額特定資産の仕入れ等を行った場合の特例です。
| 区分 | 金額の基準(税抜) | 主な効果 |
|---|---|---|
| 調整対象固定資産 | 一の取引単位の価額が100万円以上 | 選択届出書を出して2年を経過する日までに取得し一般課税で申告すると、原則3年間は免税に戻れず、2年間は簡易課税も選べない |
| 高額特定資産 | 一の取引の単位につき1,000万円以上 | 翌課税期間から、取得した課税期間の初日以後3年を経過する日の属する課税期間まで免税点制度の適用なし。簡易課税制度選択届出書も提出できない |
先ほどの内装工事は税抜3,000万円でした。1,000万円以上なので高額特定資産にも当たります。
自ら建設した資産も、原材料および経費に係る税抜価額の累計額が1,000万円以上になれば同じ扱いです。
新設法人にも似た定めがあります。事業年度開始の日における資本金の額または出資の金額が1,000万円以上なら、そもそも免除されません。
資本金1,000万円未満で設立した場合も、油断はできません。
設立1期目の途中で増資して1,000万円以上になれば、設立2期目は課税事業者です。
判定対象者の基準期間相当期間における課税売上高が5億円を超える特定新規設立法人も免除されません。
選べば戻る、とは言い切れません
課税事業者を選んでも、支払った消費税の全額が控除できるとは限りません。
控除できる金額は課税売上割合や資産の用途区分によって変わります。
売上げに消費税のかからない取引が多い会社では、控除できる額はその分小さくなります。
注意
とくに注意が必要なのが賃貸物件です。居住用賃貸建物に係る課税仕入れ等の税額については、仕入税額控除ができないとする規定が設けられています(国税庁タックスアンサーNo.6502)。アパートやマンションを建てて還付を受ける、という前提での設計はできません。
店舗や事務所の工事なのか、住宅として貸す建物なのか。ここで結論が変わります。
同じ「建物の工事」でも、用途によって取扱いはまったく別になります。

よくある失敗と、期を先に設計するという考え方
失敗はだいたい同じ形をしています。
- 工事が終わってから相談し、届出書の提出期限を過ぎていたことに気づく
- 還付だけを見て選択し、2年目・3年目の納付額を見ていなかった
- 3年しばりに入り、簡易課税を選べないまま一般課税で申告を続けることになった
- 居住用の賃貸建物だったため、そもそも仕入税額控除ができなかった
どれも、工事の契約より前に整理しておけば避けられたものです。
小松公認会計士・税理士事務所では、投資の時期と決算期の関係から先に確認しています。
投資額、用途、翌期以降の売上げ見込みを並べ、2年から3年分の税額を試算します。
そのうえで、届出書を出すか出さないかを決めます。
消費税だけで判断はしません。法人税側の設備投資で使える中小企業の2つの税制も同時に見ます。
ここまではご自身でも試算できます。3年先までの見込みをどう置くかからは、個別の判断になります。
補足
本記事は法人の話に限っています。個人事業主の方は個人事業主の消費税と2割特例の記事をご覧ください。考え方の枠組みは共通ですが、使える特例が異なります。
この論点で小松公認会計士・税理士事務所ができること
制度は複雑ですが、お客様がすべてを理解する必要はありません。難しいことは、専門家にお任せください。
登録者6,900人超
小松公認会計士・税理士事務所 代表
小松 優馬公認会計士・税理士
- お話を伺って、「あなたの場合はどうなるか」をはっきりお答えします
- 必要な書類のご案内から申告まで、まるごとお任せいただけます
- 料金は先にお見積り。全国どこでも、オンラインで完結できます
YouTube「税理士 小松ゆうまチャンネル」(登録者6,900人超)で、税金の話を分かりやすく解説しています。動画を見てみる
初回相談は無料です。相談だけで終えていただいて構いません。
よくある質問(FAQ)
Q1. 工事が終わってから届出書を出しても間に合いますか?
間に合いません。翌課税期間から課税事業者を選択するには、当課税期間中に届出書を提出する必要があります。末日が土曜日・日曜日・国民の祝日等に当たる場合でも、提出期限は延長されません。
Q2. 還付を受けた翌期に、すぐ免税事業者に戻れますか?
戻れません。事業を廃止した場合を除き、課税事業者となった日から2年間は免税事業者となることができません。不適用届出書は、2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ提出できないためです。
Q3. 3年しばりに入ると、簡易課税も選べないのですか?
選べません。課税事業者となった日から2年を経過する日までの間に開始した課税期間中に調整対象固定資産を取得し一般課税で申告した場合、2年間は簡易課税制度選択届出書を提出できません。
Q4. 賃貸マンションを建てれば消費税は戻りますか?
戻る前提では考えられません。居住用賃貸建物に係る課税仕入れ等の税額は仕入税額控除ができないとする規定があるためです。建物の用途によって取扱いが分かれますので、契約前にご確認ください。
免責事項
本記事は令和8年9月時点の法令・公表資料に基づく一般的な解説です。国税庁タックスアンサーNo.6501「納税義務の免除」(令和7年4月1日現在法令等)、No.6502「高額特定資産を取得した場合等の納税義務の免除等の特例」、No.6503「基準期間がない法人の納税義務の免除の特例」、No.6531「新規開業又は法人の新規設立のとき」の内容を扱っています。消費税の税率の内訳、簡易課税制度のみなし仕入率と事業区分、2割特例の適用期限、適格請求書発行事業者の登録手続、課税売上割合の計算方法、個別対応方式と一括比例配分方式の選択、調整対象固定資産に係る仕入控除税額の調整計算、相続・合併・分割があった場合の納税義務、個人事業者の取扱いは扱っていません。記事中の計算例は制度の理解のために一定の前提を置いた目安であり、実際の税額を示すものではありません。具体的な判断は必ず税理士にご相談ください。本記事の情報を利用したことによる損害について、当事務所は責任を負いかねます。
参考資料・出典
- 国税庁 タックスアンサー No.6501「納税義務の免除」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6501.htm
- 国税庁 タックスアンサー No.6502「高額特定資産を取得した場合等の納税義務の免除等の特例」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6502.htm
- 国税庁 タックスアンサー No.6503「基準期間がない法人の納税義務の免除の特例」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6503.htm
- 国税庁 タックスアンサー No.6531「新規開業又は法人の新規設立のとき」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6531.htm
設備投資の契約をする前に、消費税の立ち位置をご相談ください
課税事業者を選ぶかどうかは、還付額だけでは決められません。2年のしばり、調整対象固定資産による3年のしばり、資産の用途区分まで含めて、投資の前に並べて比べる必要があります。届出書の期限は延長されないため、工事が終わってからでは手が打てません。代表税理士が投資の内容と決算期を伺い、届出の要否まで通して整理します。
無料相談を申し込む 法人顧問サービスの詳細を見る 約60秒で料金を自動見積り