二世帯住宅の売却と3,000万円控除
名義と住み方で親子の結論が分かれます

まず結論：二世帯住宅でも、3,000万円控除は所有者ごとに判定します

二世帯住宅でも3,000万円控除は所有者ごとに判定し、親と子で結論が分かれることがあります。

売った利益から最高3,000万円を引ける特例です（租税特別措置法35条）。

対象は、原則として、売った人が住む家屋と、家屋とともに売る敷地です。

この条文と関係する通達に、二世帯住宅だけの定めはありません。

共有のマイホームを売った場合には、この特例の適用を受けることができるかどうかは共有者ごとに判定します。

（国税庁 タックスアンサー No.3308）

名義の形で、親と子それぞれの結論が変わります

家屋（またはその持分）を持ち、そこに住む人は、要件を満たせばそれぞれ最高3,000万円です。

表は、親も子も住み、ほかの要件も満たす前提です。区分登記のない行は、建物全体が親子それぞれの住まいと認められる場合の結論です。

表の2行目の親の欄は、国税庁の質疑応答事例を参考にしています。

したがって、甲所有の家屋(持分2分の1)とその敷地の全部について、居住用財産の譲渡所得の特別控除の特例を適用して差し支えありません。

（国税庁 質疑応答事例「共有で所有している家屋とその敷地を譲渡した場合」）

照会はもう一人の共有者が別の家に住む事案で、子世帯も住む場合は個別判断です。

持分ごとの計算は共有名義の不動産を売ったときの記事で扱っています。

「土地は親、家屋は子」だと、親の控除は3要件しだいです

土地だけを持つ親は、原則としてこの特例を使えません（No.3311）。

次の3要件をすべて満たせば、例外として使えます。

1. 敷地を家屋と同時に売ること
2. 家屋の所有者と敷地の所有者が親族で、生計を一にしていること
3. 敷地の所有者が、家屋の所有者と一緒にその家屋に住んでいること

控除は2人合わせて3,000万円までで、家屋の所有者から先に差し引きます。

二世帯住宅では、「生計を一にする」かが問われます。

親族が同一の家屋に起居している場合には、明らかに互いに独立した生活を営んでいると認められる場合を除き、これらの親族は生計を一にするものとする。

（所得税基本通達2-47（2））

家計を分けた暮らしがこの例外に当たるかは、個別判断です。

税率は令和8年分の20.315％で、所得税15％、その2.1％の復興特別所得税、住民税5％です。

令和9年分以後は、復興特別所得税1.1％と防衛特別所得税1％になり、合計は同じです。

軽減税率は使わず、建物全体を親子それぞれの住まいとみるなど、一定の前提を置いた目安です。

3要件の詳細は家と土地で名義が違う自宅の売却の記事をご覧ください。

区分登記の有無で変わるのは、「誰がどの部分を持つか」です

区分登記は名義を住戸ごとに分ける登記で、判定の仕方は変わりません。

構造上区分され独立して住める住戸は、別々に所有できます（建物の区分所有等に関する法律1条）。

区分登記の有無にかかわらず、所有者が住まない部分は、控除の対象から外れることがあります。

政令は、居住用以外の部分があれば、居住用の部分に限るとしています。

根拠は租税特別措置法施行令20条の3第2項と23条1項です。

子世帯の部分が親の居住用に当たるかは、公表資料に定めがなく個別判断です。

住まいを区分所有にして一部だけ売る場合も、通達に定めがあります。

残りが独立して住める家なら対象外です（措置法関係通達31の3-10・35-6）。

軽減税率は、家屋と敷地がともに10年を超えるかを所有者ごとに見ます

3,000万円控除と軽減税率の特例（租税特別措置法31条の3）は、重ねて使えます（No.3305）。

控除後の利益のうち6,000万円以下の部分は所得税10％、超える部分は15％です（同条1項）。

所有期間の要件は、売った年の1月1日で、家屋と敷地がともに10年を超えることです。

一方でも10年以下なら、家屋も敷地も使えません（措置法関係通達31の3-3）。

建て替えた家屋は、建てた日の翌日から数えます（租税特別措置法31条2項）。

建て替えて10年以下なら、土地が古くても軽減税率は使えません。

失敗パターン：二世帯住宅で控除を使えなくなる5つの形

名義・住み方・売る相手しだいで、控除が0円になることがあります。

• 住んでいない人の持分 ― 別の家に住む子の持分は、原則として対象外です
• 生計が別の、土地だけの親 ― 3要件の2つめを欠き、控除を使えません
• 親の持分を同居の子が買い取る ― 子は直系血族で「特別の関係がある人」です
• 家屋の所有者が前年・前々年に特例を使った ― 敷地だけの所有者も使えません（質疑応答事例）
• 親世帯の部分だけ壊し、その下の土地を売る ― 残りが住める家なら対象外です

以前住んでいた人は、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の年末までに売れば対象です。

転勤などで家族と離れ単身で暮らす場合も、別の扱いがあります（措置法関係通達31の3-2・35-6）。

生計を一にする親族や、売った後に同居する親族への売却も対象外です（No.3302）。

家屋を共有にするための売却や持分の一部の売却も対象外です（措置法関係通達31の3-11・35-6）。

ここまではご自身で、ここから先は個別判断です

名義と住み方の整理はご自身でできますが、控除の配分と居住用の範囲は個別判断です。

1. 登記事項証明書で、土地と家屋の名義・持分・取得の日を確かめる
2. 建物が住戸ごとに区分登記されているかを確かめる
3. 親世帯と子世帯の誰が、どの部分に住んでいるかを書き出す
4. 前年・前々年にこの特例などを使った家族がいないか、申告書で確かめる

ここから先は、子世帯部分の扱い、生計の判定、所有期間、売る相手などで結論が変わります。

税理士が入ると変わるのは、所有者ごとの判定と申告のそろえ方です

登記と暮らしの実態から、所有者ごとに特例を使えるかを判定します。

譲渡価額と取得費を土地・家屋・持分に分け、一人ひとりの譲渡益を出します。

生計や居住の実態を示す資料と、添付書類をそろえます。

売買契約の前に、同時に売るか、売る範囲と相手を確認します。

親と子の確定申告書と譲渡所得の内訳書を、同じ前提で作ります。

小松公認会計士・税理士事務所では、名義の確認から適正申告まで、ご家族分を担当します。

この論点で小松公認会計士・税理士事務所ができること

制度は複雑ですが、お客様がすべてを理解する必要はありません。難しいことは、専門家にお任せください。

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よくある質問（FAQ）

Q1. 親子で共有している二世帯住宅を売ると、2人とも3,000万円控除を使えますか？

共有のマイホームは、特例を使えるかを共有者ごとに判定します。要件を満たす共有者1人につき最高3,000万円です（タックスアンサーNo.3308）。住んでいない共有者の持分は原則として対象外です。特例を使う人は一人ひとり確定申告をします。

Q2. 土地は親、建物は子の名義です。親も3,000万円控除を使えますか？

原則は家屋の所有者が対象です。敷地だけの所有者は、3要件をすべて満たすときに使えます。要件は、同時に売る、親族で生計を一にする、家屋の所有者と一緒に住む、です。控除は2人合わせて3,000万円までで、家屋の所有者が先です（No.3311）。

Q3. 区分登記をしている二世帯住宅は、扱いが変わりますか？

区分登記では住戸ごとに所有権が分かれるため、住戸の名義人と住む人の組み合わせで判定します。親が子世帯の住戸も持つ場合や、片方だけを売る場合は個別判断です。措置法関係通達31の3-10なども関わります。

Q4. 同居する子に親の持分を売る場合、親は3,000万円控除を使えますか？

使えません。子などの直系血族は「特別の関係がある人」に当たり、その人への売却は対象外です。根拠は租税特別措置法施行令20条の3第1項と23条2項です。共有持分の一部だけを売る場合も対象外です（措置法関係通達31の3-11・35-6）。